L'Alpha Jet peut être armé d'un canon de 27 mm ou 30 mm en pod ventral, et emporter 2 500 kg de charge offensive. Le système d'armement et de navigation de la version de combat est efficace et précis, et permet une grande flexibilité dans les missions d'attaque. Mais ce système est obsolète depuis l'apparition des avions de combat de 3e génération (Mirage 2000, F-16, etc.).
Armement interne : canon DEFA de 30 mm ou Mauser de 27 mm en pod ventral.
Armement externe : 2 500 kg maximum sur 5 point d'ancrages, missile air-air d'autodéfense, missiles antichar, bombes et roquettes.
Les avions affectés à la Patrouille de France emportent un pod fumigène sous le fuselage, dérivé du pod canon des versions de combat.